A Bazilika orgonája a templommal együtt 1905-ben készült. Építője Angster József, a híres párizsi Auguste Cavaillé-Coll tanítványa volt, ezért az orgona hangképe és méretezése francia elveket követ. Az orgonaházat Thék Endre műbútorgyára készítette. A hangszert többször bővítették, utolsó restaurálását a Váradi és Fia cég végezte. Az orgona új, modern négy manuálos játékasztalt és új homlokzatot kapott, valamint 13 regiszterrel bővült, így most 93 regisztere van. a sípok száma 6507, a leghosszabb 10 méter, a legrövidebb 6 milliméter. Karakteres hangszíneivel és telt, mégis puha hangzásával ma Budapest legnagyobb és legszebb hangszere.